Το Αρχιπέλαγος υλοποιεί αφιλοκερδώς αναλύσεις πόσιμου νερού σε διάφορα νησιά του Αιγαίου, εστιάζοντας ιδιαίτερα στα μικρότερα νησιά και τις περιοχές, όπου οι τοπικές αρχές δε διεξάγουν τακτικούς ελέγχους. Στα περισσότερα μέρη το πόσιμο νερό προέρχεται από διάφορες πηγές, γι αυτό το λόγο ο κίνδυνος της μόλυνσης ή της ρύπανσης μπορεί να προκαλείται από ανθρωπογενείς δραστηριότητες, αλλά και από φυσικά αίτια όπως διάβρωση των πετρωμάτων. Στις μικρές νησίδες και νησιά του Αιγαίου, όπου οι υδάτινοι πόροι είναι περιορισμένοι και πόσιμο νερό μεταφέρεται μέσω ειδικών υδροφόρων δεξαμενόπλοιων, η ποιότητα του νερού μπορεί να διαφέρει με κάθε αποστολή που παραδίδεται. Ως εκ τούτου, οι κάτοικοι των κοινοτήτων αυτών διατηρούν αμφιβολίες για την ποιότητα του πόσιμου νερού και συχνά οδηγούνται αποκλειστικά στην αγορά εμφιαλωμένου για προληπτικούς λόγους. Εκτός από το γεγονός ότι είναι μία δαπανηρή λύση, επιπροσθέτως απορρίπτονται περισσότερα πλαστικά απόβλητα στο περιβάλλον. Τέλος, αυτή η πρακτική είναι αμφιβόλου ποιότητας, καθώς το εμφιαλωμένο νερό συχνά μεταφέρεται κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού όπου υπάρχουν πολύ υψηλές θερμοκρασίες με αποτέλεσμα το νερό να περιέχει επιβλαβείς ουσίες που προέρχονται από τα ίδια τα πλαστικά μπουκάλια.

Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους παρέχει στις τοπικές κοινότητες των νησιών αναλύσεις για τον έλεγχο της ποιότητας του νερού , προκειμένου να διασφαλιστεί η ελεύθερη, ασφαλής πρόσβαση σε πόσιμο νερό . Επιπλέον , το Αρχιπέλαγος εξετάζει το νερό σε περιοχές όπου είναι πιθανώς η μόλυνση των υπόγειων υδάτων. Όταν εντοπίζονται πηγές ρύπανσης ή μόλυνσης, το Αρχιπέλαγος συνεργάζεται με τις τοπικές, εθνικές ή κοινοτικές αρχές, προκειμένου να εξαλειφθούν.