Η ομάδα της θαλάσσιας έρευνας του Αρχιπελάγους, πραγματοποιεί μελέτες οικολογίας, ποικιλότητας και καταγραφής πληθυσμών των θαλάσσιων ασπόνδυλων και φυκών του Αιγαίου συχνά σε συνδυασμό με εργαστηριακές αναλύσεις για την ταυτοποίηση και απομόνωση βιοδραστικών ουσιών σε θαλάσσια είδη. Αυτές οι βιοδραστικές ουσίες δύναται να έχουν φαρμακευτικές ή / και βιοτεχνολογικές χρήσεις. Όπως για παράδειγμα, χημικές ενώσεις όπως τα αλκαλοειδή, τα οποία αποδίδουν στα σφουγγάρια και σε άλλα θαλάσσια ασπόνδυλα φωτεινούς χρωματισμούς, μπορούν να έχουν ένα ευρύ φάσμα εφαρμογών, όπως η θεραπεία του καρκίνου ή άλλων ασθενειών, ή χρήση σε οικολογικά υφαλοχρώματα πλοίων όπου μπορούν να αντικαταστήσουν τα έως σήμερα χρησιμοποιούμενα τοξικά προϊόντα. Ανάλογες χημικές ενώσεις μπορούν να βρεθούν και στους θηρευτές των εν λόγω ειδών.

Το Αρχιπέλαγος διεξάγει έρευνες σε διάφορες περιοχές των ελληνικών θαλασσών, καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους. Οι ερευνητές μας συλλέγουν και αναλύουν μεγάλο αριθμό δειγμάτων που λαμβάνονται είτε μέσω οπτικής καταγραφής ή ως παρεμπίπτον αλίευμα από αλιευτικά σκάφη. Με τον τρόπο αυτό, επεξεργαζόμαστε ένα μεγάλο αριθμό διαφορετικών δειγμάτων θαλάσσιων οργανισμών που προέρχονται από διαφορετικές τοποθεσίες, οικοτόπους και βάθη.

Στο εργαστήριο του Αρχιπελάγους εφαρμόζεται η τεχνική της χρωματογραφίας λεπτής στοιβάδας (TLC) σε ένα ευρύ φάσμα ειδών . Δημιουργείται ένα βασικό χημικό προφίλ για κάθε είδος, επιλέγονται τα πιο σημαντικά ευρήματα και αποστέλλονται στα εργαστήρια των πανεπιστημίων που συνεργαζόμαστε για περαιτέρω ανάλυση.