Ένας από τους κύριους στόχους του Αρχιπελάγους από την ίδρυση του, ήταν η δημιουργία του πρώτου μη - κυβερνητικού, μη κερδοσκοπικού, ανεξάρτητου εργαστηρίου στην Ελλάδα. Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους αξιολογεί και αναλύει τις πηγές ρύπανσης και μόλυνσης που μπορεί να θέσουν σε κίνδυνο τα θαλάσσια και χερσαία οικοσυστήματα, καθώς και τη δημόσια υγεία. Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους προσφέρει αφιλοκερδώς στις τοπικές κοινωνίες τη δυνατότητα χημικών και μικροβιολογικών αναλύσεων πόσιμου και θαλασσινού νερού. Αποτελεί επίσης το πρώτο εργαστήριο στην Ελλάδα όπου από το 2009 ξεκίνησε αναλύσεις ως προς την περιεκτικότητα σε ίνες μικροπλαστικών, σε διάφορα επίπεδα των θαλάσσιων οικοσυστημάτων (ψάρια, ασπόνδυλα, ίζημα, θαλασσινό νερό, καθώς και στο πεπτικό σύστημα θαλάσσιων θηλαστικών και χελωνών που εκβράζονται νεκρά στις ακτές) .

Επίσης σε συνεργασία με εργαστήρια από συνεργαζόμενα πανεπιστήμια μπορεί να πραγματοποιήσει αναλύσεις για τον εντοπισμό καταλοίπων φυτοφαρμάκων σε φυτικούς ιστούς, σε τελικά προϊόντα (π.χ. κρασί και λάδι ), αλλά και σε δείγματα εδάφους.