Το Αρχιπέλαγος στοχεύει στη διατήρηση της πανίδας των νησιών, με ιδιαίτερη έμφαση στα απειλούμενα είδη, όπως ο Μεσογειακός Χαμαιλέοντας, το Χρυσό Τσακάλι, καθώς επίσης και πολλά προστατευόμενα και απειλούμενα είδη όπως νυχτερίδες και πτηνά, καθώς και στη χλωρίδα των νησιών, επικεντρώνοντας το ενδιαφέρον του τόσο σε αυτά όσο και στις επικείμενες απειλές που αντιμετωπίζουν Η συνεχιζόμενη ανάπτυξη της Τράπεζας Σπόρων Αιγαίου εξασφαλίζει τη διατήρηση των τοπικών καλλιεργούμενων φυτών και τα προστατεύει από τη ρύπανση και τις ανθρωπογενείς επιπτώσεις και προωθεί τη διαχείριση των οικοτόπων προτεραιότητας.