Το Αρχιπέλαγος συμμετέχει σε πολλές ερευνητικές και περιβαλλοντικές δράσεις και πρωτοβουλίες. Αυτά απαιτούν διεπιστημονική συνεργασία σε ποικίλους τομείς όπως η μελέτη των θαλάσσιων θηλαστικών, η αλιευτική διαχείριση, η χερσαία ζωολογική έρευνα, οι εργαστηριακές αναλύσεις για την ανίχνευση ρύπων, αλλά και η διαφύλαξη τοπικών ποικιλιών καλλιεργήσιμων φυτών.
Η εργασία και συνεισφορά εξειδικευμένων επιστημόνων σε διαφορετικούς τομείς μελέτης και η συνεργασία με πανεπιστήμια και ερευνητικά ινστιτούτα από την Ελλάδα και το εξωτερικό είναι ανεκτίμητη για το Αρχιπέλαγος.
