Με τη λήξη της προκαταρκτικής βιολογικής χαρτογράφησης των θαλασσίων λιβαδιών Ποσειδωνίας και υφάλων ασβεστολιθικών ροδοφυκών που πραγματοποιήθηκε στη νοτιοδυτική Σάμο, το πεδίο ερευνών μεταφέρθηκε στη θαλάσσια περιοχή των Β.Α Δωδεκανήσων. Το πλήρωμα του Αρχιπελάγους, μετέβη στο σύμπλεγμα νησιών και νησίδων Αρκιών-Πάτμου, που αποτελεί μόνιμο καταφύγιο Άγριας Ζωής (ΦΕΚ Νο. 1417/16.09.2004.).
Με το ιστιοπλοϊκό σκάφος “Νηρέας” ενεργοποίησε τους δύο ερευνητικούς σταθμούς της Οργάνωσης στο Μαράθι και τους Αρκιούς, και με τη χρήση σύγχρονων καταγραφικών μέσων συνέχισε τη βιολογική χαρτογράφηση σε ένα από τα πλουσιότερα θαλάσσια οικοσυστήματα του Αιγαίου.
Αυτή την περίοδο, οι ερευνητές του Αρχιπελάγους προχωρούν σε εργασίες για την τοποθέτηση ενημερωτικών ταμπελών σε προσεγγίσιμες περιοχές του Καταφυγίου. Στόχος της προσπάθειας είναι η ενημέρωση των κατοίκων και των επισκεπτών για την περιβαλλοντική σημασία της περιοχής και για την επιτακτική ανάγκη διαρκούς προστασίας της θαλάσσιας και χερσαίας βιοποικιλότητας του συμπλέγματος.
Σε αυτό το πεδίο, η προσπάθεια των λιγοστών κατοίκων είναι αξιέπαινη. Αντιλαμβανόμενοι τη βιολογική ανάταση του τόπου τους, έπειτα από την ανακήρυξη του σε μόνιμο καταφύγιο Άγριας Ζωής, και κινούμενοι σε νόμιμα πλαίσια έχουν αναλάβει τη φύλαξη και προστασία της περιοχής. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτέλεσε το πρόσφατο συμβάν, όπου κάτοικοι των Αρκιών διέκοψαν τη δράση ομάδας που είχε μεταβεί στην περιοχή για παράνομη νυχτερινή αλιεία με ψαροτούφεκο και πλήρη καταδυτικό εξοπλισμό. Τις περαιτέρω απαραίτητες ενέργειες (επιβολή προστίμων, κατάσχεση καταδυτικού εξοπλισμού) ανέλαβε το λιμεναρχείο Πάτμου που μετέβη άμεσα στην περιοχή.
Πρέπει να επισημάνουμε ότι τα τελευταία χρόνια η παράνομη αλιεία, είτε με τις προαναφερόμενες μεθόδους είτε με δυναμίτη έχει λάβει ανεξέλεγκτες διαστάσεις και οι παράπλευρες ζημίες που προκαλεί στα θαλάσσια οικοσυστήματα και στην παράκτια αλιεία είναι τεράστια (δείτε σε αυτό το χαρακτηριστικό βίντεο, που κινηματογραφήθηκε προ μηνός, αλιείς(;) να ψαρεύουν με δυναμίτη). Δυστυχώς, η αναζήτηση εύκολου εισοδήματος αβρόχοις ποσί, η κοινωνική ανοχή απέναντι σε αυτό το θλιβερό φαινόμενο και η ανεπάρκεια των ελεγκτικών και κατασταλτικών μηχανισμών έχει οδηγήσει στη διόγκωση του προβλήματος.
Ωστόσο, οι παραινέσεις του Αρχιπελάγους για ενεργοποίηση της τοπικής κοινωνίας και υπεύθυνη δράση απέναντι στην επίδοξη λαθροθηρία, τη ματαιόδοξη και δόλια αλιεία φαίνεται πως αποδίδουν καρπούς. Η παθητική στάση και η αναμονή έξωθεν βοήθειας ποτέ δεν βοήθησε και ποτέ δεν αποδείχτηκε αποτελεσματική. Δεν την ευνοεί ούτε η γεωγραφική διασπορά των νησιών και νησίδων, ούτε η χαρακτηριστική ελλειμματική φυσιογνωμία του λιμενικού σώματος.
