Η ομάδα έρευνας θαλάσσιων θηλαστικών του Αρχιπελάγους αποτελείται από 10 νέους ερευνητές που προέρχονται από 8 διαφορετικές χώρες του κόσμου: τις ΗΠΑ, τον Καναδά, την Ιταλία, τη Γαλλία, την Βρετανία, την Ελλάδα και την Ισπανία.
Σε σχεδόν καθημερινή βάση, καταγράφουν τους πληθυσμούς των θαλάσσιων θηλαστικών του αν. Αιγαίου τόσο από θαλάσσης, ταξιδεύοντας με τα ερευνητικά σκάφη του Αρχιπελάγους όσο και από επιλεγμένα σημεία παρατήρησης από την ξηρά. Σκοπός της παρακολούθησης αυτής είναι η συλλογή δεδομένων που σχετίζονται τόσο με ανθρωπογενείς όσο και με περιβαλλοντικούς παράγοντες που επηρεάζουν την κατανομή των θηλαστικών.
Ένας από τους κύριους τομείς έρευνας είναι η καταγραφή της συμπεριφοράς των κοινών δελφινιών και των ρινοδέλφινων σε περιοχές του αν. Αιγαίου, η φωτοταυτοποίηση των ατόμων των συγκεκριμένων πληθυσμών, η καταγραφή της συμπεριφοράς τους καθώς και η καταγραφή και ανάλυση των ήχων που αυτά παράγουν.
Επίσης, βασική μέριμνα της συγκεκριμένης ομάδας είναι ο συντονισμός της φύλαξης και παρακολούθησης της ιδιαίτερης φώκιας που βρίσκεται στη Σάμο τον τελευταίο ενάμιση χρόνο και η καθημερινή καταγραφή της συμπεριφοράς της. Παράλληλα άλλο ένα βασικό πεδίο έρευνας της ομάδας θαλάσσιων θηλαστικών είναι η περίθαλψη των τραυματισμένων θηλαστικών αλλά και η διεξαγωγή νεκροψίας σε περιπτώσεις εκβρασμών, οι οποίοι είναι δυστυχώς ένα συχνό φαινόμενο, λόγω της γεωμορφολογίας των νησιών του αν. Αιγαίου όπου δραστηριοποιούμαστε.
Στόχος της ερευνητικής ομάδας του Αρχιπελάγους, μέσα από τη μελέτη των σπάνιων θηλαστικών που βρίσκονται στις θάλασσές μας, είναι η κατανόηση της συμπεριφοράς τους και των παραγόντων που τα απειλούν, έτσι ώστε να αξιοποιηθούν κατάλληλα για την ουσιαστική προστασία τους.