Η λαθροθηρία άγριων ζώων στα νησιά του Αιγαίου και σε άλλες περιοχές της Ελλάδας αποτελεί ένα εξαιρετικά σοβαρό περιβαλλοντικό έγκλημα στο οποίο το Αρχιπέλαγος θέλει να φέρει τέλος. Απειλούμενα με εξαφάνιση είδη όπως οι χαμαιλέοντες, άλλα ερπετά και ωδικά πτηνά (καρδερίνες, μαυροσκούφηδες, σπίνους) είναι συχνά θύματα λαθροθηρίας. Τα πουλιά χρησιμοποιούνται συχνά για διασκέδαση ή ακόμα και για κατανάλωση.

Η σκληρή πρακτική αφαίρεσεις άγριων ζώων από το φυσικό τους περιβάλλον, η φυλάκισή τους σε μικροσκοπικά κλουβιά και η πώληση στη μαύρη αγορά ή η διατήρησή τους για διασκέδαση είναι ένα συνεχές πρόβλημα. Ωστόσο, οι τοπικές κοινότητες έχουν αρχίσει να συνεργάζονται με το Αρχιπέλαγος με σκοπό να πιαστούν οι δράστες.

Μέσα από τις προσπάθειες του Αρχιπελάγους και τη πολύτιμη βοήθεια από τις τοπικές κοινότητες έχουμε ξεκινήσει να ερευνούμε περιστατικά λαθροθηρίας και σε συνεργασία με τις τοπικές αρχές επιδιώκουμε την δίωξη των δραστών. Το Αρχιπέλαγος δουλεύει σκληρά για να ευαισθητοποιήσει για αυτές τις βάναυσες πρακτικές και να τις εξαλείψει.