Όλες οι τεχνικές που χρησιμοποιούνται στο εργαστήριο του Αρχιπελάγους είναι πιστοποιημένες και παράγουν επιστημονικά, αξιόπιστα αποτελέσματα. Περαιτέρω αναλύσεις που μπορεί να απαιτηθούν και είναι πέρα από τις σημερινές δυνατότητες του εργαστηρίου του Αρχιπελάγους, αναλαμβάνονται από συνεργαζόμενα πανεπιστήμια.

Το εργαστήριο βρίσκεται στην ερευνητική βάση του Αρχιπελάγους στη Σάμο, καθώς επίσης και μια μικρότερη εργαστηριακή μονάδα λειτουργεί στην ερευνητική βάση του Αρχιπελάγους στην Ικαρία . Επιπλέον, ένα πλωτό εργαστήριο αναπτύσσεται αυτή την περίοδο στο ερευνητικό σκάφος του Αρχιπελάγους «Πηνελόπη». Στο πλωτό εργαστήριο θα αξιολογούνται επιτόπιες αναλύσεις υδάτων κατά τη διάρκεια των ερευνητικών αποστολών σε διάφορες περιοχές των ελληνικών θαλασσών.